為加強跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅的征收管理，根據(jù)《財政部 國家稅務(wù)總局 中國人民銀行關(guān)于印發(fā)〈跨省市總分機構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理辦法〉的通知》（財預(yù)[2012]40號）（以下簡稱40號文件）等的精神，稅務(wù)總局在充分調(diào)查研究的基礎(chǔ)上，對《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)<跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法>的通知》（國稅發(fā)[2008]28號）（以下簡稱28號文件）進行了修訂和完善，制定了《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》（以下簡稱《辦法》），并發(fā)布公告?，F(xiàn)將《辦法》的主要內(nèi)容解讀如下：
　　一、如何把握40號文件的主要政策變化點？
　　與《財政部 國家稅務(wù)總局 中國人民銀行關(guān)于印發(fā)<跨省市總分機構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理暫行辦法>的通知》（財預(yù)[2008]10號)相比，40號文件的政策變化點主要體現(xiàn)在：（1）明確總分機構(gòu)參與匯算清繳稅款分配，即匯算清繳應(yīng)補應(yīng)退稅款按照預(yù)繳分配比例分配給總分機構(gòu)，由總分機構(gòu)就地辦理稅款繳庫或退庫，改變了匯繳補退稅均通過中央國庫辦理、總分機構(gòu)都不參與就地分享的做法。（2）明確了總分機構(gòu)查補稅款就地入庫問題，突破了就地監(jiān)管的政策瓶頸。（3）不適用范圍的調(diào)整，企業(yè)所得稅全額歸屬中央收入的企業(yè)由14家調(diào)整為15家。（4）分支機構(gòu)“三因素”所屬區(qū)間的調(diào)整，統(tǒng)一確定為上年度，不再區(qū)分上上年度和上年度。（5）明確當(dāng)年撤銷的分支機構(gòu)自辦理注銷稅務(wù)登記之日起不參與分?jǐn)偅辉購牡诙昶鸩挪粎⑴c分?jǐn)偂＃?）采用會計準(zhǔn)則的表述和口徑，將“三因素”中的“經(jīng)營收入”改為“營業(yè)收入”，“職工工資”調(diào)整為“職工薪酬”，對“資產(chǎn)總額”的解釋不再排除無形資產(chǎn)。（7）增設(shè)和修訂了若干預(yù)算科目。這些政策變化點，都已完整地體現(xiàn)在《辦法》相關(guān)條款中。
　　二、現(xiàn)行跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征管的文件主要有哪些？《辦法》與這些文件的關(guān)系是什么？
　　現(xiàn)行跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征管方面的文件，主要包括28號文件、國稅函[2008]747號、國稅函[2008]958號、國稅函[2009]221號、國稅發(fā)[2009]79號、國稅發(fā)[2008]120號、稅務(wù)總局公告2011年第25號、稅務(wù)總局公告2012年第12號等文件，其中，28號文件是核心規(guī)定，其他文件是重要補充。
　　《辦法》以28號文件為母版進行了增減修訂，增加了二級分支機構(gòu)判定（第四條、第二十三條、第二十四條）、不同稅率地區(qū)計算（第十八條）和計算差錯糾正（第二十條）（來自國稅函[2009]221號），新設(shè)分支機構(gòu)判定（第十六條）（來自國稅函[2008]958號），分支機構(gòu)匯繳報送資料（第十一條）（來自國稅函[2009]221號、國稅發(fā)[2009]79號），資產(chǎn)損失管理（第二十五條）（來自稅務(wù)總局公告2011年第25號），稅收優(yōu)惠管理（第二十六條）（來自稅務(wù)總局公告2012年第12號），不得核定征收（第三十一條）（來自國稅函[2008]747號），征管范圍劃分（第三十條）（來自國稅發(fā)[2008]120號）等很多現(xiàn)行有效規(guī)定，并進行了更為準(zhǔn)確和精煉地表述。
　　三、如何把握《辦法》的基本框架和主要內(nèi)容？
　　《辦法》共三十三條，分為總則、稅款預(yù)繳和匯算清繳、總分機構(gòu)分?jǐn)偠惪畹挠嬎?、日常管理、附則等五部分。具體來說：
　　第一章：總則（共五條）。主要包括立法依據(jù)、適用范圍、總體管理辦法等規(guī)定，解決了《辦法》中一般性和總括性的重要問題。
　　第二章：稅款預(yù)繳和匯算清繳（共七條）。主要包括稅款分配基本格局、預(yù)繳申報和匯繳申報的內(nèi)容，屬于匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理中的征收部分，突出了匯繳申報中分支機構(gòu)分配表（第十一條）的作用，明確首次預(yù)繳申報時報送分支機構(gòu)上一年度的年度財務(wù)報表（或年度財務(wù)狀況和營業(yè)收支情況）（第九條），以利于相互比對，也有利于就地啟動稅務(wù)檢查。
　　第三章：總分機構(gòu)分?jǐn)偠惪畹挠嬎悖ü舶藯l）。概括了總機構(gòu)、分支機構(gòu)計算分?jǐn)偠惪畹娜^程，與28號文件相比，這一計算過程更加完整和系統(tǒng)，突出強調(diào)了總機構(gòu)計算公式（第十三條）、分支機構(gòu)計算公式（第十四條）、分支機構(gòu)“三因素”所屬區(qū)間（第十七條）、總分機構(gòu)不同稅率情況下的計算（第十八條）和計算錯誤的處理（第二十條）。
　　第四章：日常管理（共十一條）。初步搭建了一個涵蓋稅務(wù)登記信息溝通、二級分支機構(gòu)判定、掛靠機構(gòu)處理、資產(chǎn)損失管理、稅收優(yōu)惠管理、稅務(wù)檢查（稅款計算、分配、信息溝通）、信息平臺建設(shè)和維護、總分機構(gòu)主管稅務(wù)機關(guān)劃分、征收方式鑒定等較為系統(tǒng)的日常管理體系。突出了溝通與協(xié)作的重要性（第四章），強調(diào)了就地監(jiān)管機制中“二級分支機構(gòu)判定”（第二十三條、二十四條）和“就地檢查”（第二十七條、二十八條）的管理抓手作用。
　　第五章：附則（共兩條）。包括授權(quán)條款、施行時間、廢除文件和新舊銜接條款。
　　四、跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)如何進行企業(yè)所得稅匯算清繳？
　　《辦法》第十條規(guī)定：匯總納稅企業(yè)匯算清繳時，由總機構(gòu)匯總計算企業(yè)年度應(yīng)納所得稅額，扣除總機構(gòu)和各分支機構(gòu)已預(yù)繳的稅款，計算出應(yīng)繳應(yīng)退稅款，按照規(guī)定的稅款分?jǐn)偡椒ㄓ嬎憧倷C構(gòu)和分支機構(gòu)的企業(yè)所得稅應(yīng)繳應(yīng)退稅款，分別由總機構(gòu)和分支機構(gòu)就地辦理稅款繳庫或退庫。同時明確：涉及退稅時，也可經(jīng)總、分機構(gòu)同意后分別抵繳其下一年度應(yīng)繳企業(yè)所得稅稅款。第十一條規(guī)定了總分支機構(gòu)匯算清繳時應(yīng)報送的申報表、財務(wù)報表及其他相關(guān)資料。
　　納稅人關(guān)注的是分支機構(gòu)是否要實質(zhì)地參與匯算清繳，是否進行年度納稅調(diào)整，從上述規(guī)定可以看出，匯算清繳的主體仍然是總機構(gòu)，分支機構(gòu)并不需要進行年度納稅調(diào)整，自行計算應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納稅額，只是根據(jù)總機構(gòu)填報的分配表中應(yīng)繳應(yīng)退的稅款，就地申報補退稅。為了保證匯繳工作的順利進行，也需要分支機構(gòu)填列年度納稅申報表，但只需要填列有限的幾項，與總機構(gòu)的年度納稅申報完全是兩個概念。同時，為便利就地實施稅務(wù)檢查，也需要分支機構(gòu)報送參與企業(yè)年度納稅調(diào)整情況的說明，該說明由總機構(gòu)確認(rèn)后提交，涉及需由總機構(gòu)統(tǒng)一計算調(diào)整的項目不進行說明。
　　五、對二級分支機構(gòu)查補稅款如何計算？如何在總分機構(gòu)之間進行分?jǐn)?？依?jù)的原則是什么？
　　稅務(wù)總局廣泛征求了財政部、各省市國地稅局以及部分納稅人的意見。綜合各方反饋意見，對二級分支機構(gòu)查補稅款計算與分?jǐn)側(cè)霂靻栴}的處理要遵循三個原則，一是要堅持法人所得稅制，二是要遵循40號文件的基本分配框架，三是要盡量提高二級分支機構(gòu)所在地稅務(wù)機關(guān)就地監(jiān)管的積極性。
　　基于此，《辦法》第二十八條明確，二級分支機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)可自行對其主管二級分支機構(gòu)實施稅務(wù)檢查，但對查補稅款的計算應(yīng)按照法人所得稅制的要求進行，不得侵犯納稅人的合法權(quán)益。同時明確，對二級分支機構(gòu)的查補稅款，50%應(yīng)分配給總機構(gòu)繳納（總機構(gòu)所在地和中央國庫待分配賬戶各占25%），50%分配給參與檢查的二級分支機構(gòu)繳納，沒參與檢查的其他二級分支機構(gòu)不參與查補稅款的分配。這樣，既堅持了40號文件的基本分配格局，又適當(dāng)體現(xiàn)了對就地監(jiān)管努力的尊重，有利于提高征管效率，堵塞征管漏洞。另外，對這一問題的處理，也將在稅務(wù)總局與財政部、中國人民銀行聯(lián)合發(fā)布的文件中得到體現(xiàn)。
　　六、跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)哪些機構(gòu)就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅？哪些機構(gòu)不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅？
　　（一）就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅的機構(gòu)?！掇k法》第四條規(guī)定：總機構(gòu)和具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的二級分支機構(gòu)，就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。二級分支機構(gòu)，是指匯總納稅企業(yè)依法設(shè)立并領(lǐng)取非法人營業(yè)執(zhí)照（登記證書），且總機構(gòu)對其財務(wù)、業(yè)務(wù)、人員等直接進行統(tǒng)一核算和管理的分支機構(gòu)。這是對二級分支機構(gòu)法律形式和運營特點的一般概括。
　　辦法同時明確了一種視同二級分支機構(gòu)的情形，屬于二級分支機構(gòu)特例。第十六條第一款規(guī)定：總機構(gòu)設(shè)立具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能的部門（非辦法第四條規(guī)定的二級分支機構(gòu)），且該部門的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額與管理職能部門分開核算的，可將該部門視同一個二級分支機構(gòu)，按辦法規(guī)定計算分?jǐn)偛⒕偷乩U納企業(yè)所得稅；該部門與管理職能部門的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額不能分開核算的，該部門不得視同一個二級分支機構(gòu)，不得按辦法規(guī)定計算分?jǐn)偛⒕偷乩U納企業(yè)所得稅。
　?。ǘ┎痪偷胤?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅的機構(gòu)?！掇k法》第五條明確了不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅的二級分支機構(gòu)，具體包括：（1）不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能，且在當(dāng)?shù)夭焕U納增值稅、營業(yè)稅的產(chǎn)品售后服務(wù)、內(nèi)部研發(fā)、倉儲等匯總納稅企業(yè)內(nèi)部輔助性的二級分支機構(gòu)，不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。（2）上年度認(rèn)定為小型微利企業(yè)的，其二級分支機構(gòu)不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。（3）新設(shè)立的二級分支機構(gòu)，設(shè)立當(dāng)年不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。（4）當(dāng)年撤銷的二級分支機構(gòu)，自辦理注銷稅務(wù)登記之日所屬企業(yè)所得稅預(yù)繳期間起，不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。（5）匯總納稅企業(yè)在中國境外設(shè)立的不具有法人資格的二級分支機構(gòu)，不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。
　　對新設(shè)立的二級分支機構(gòu)，第十六條第二款、第三款明確了兩種例外情形，即不視同新設(shè)二級分支機構(gòu)的情形，主要考慮這些機構(gòu)之前已經(jīng)存在并已就地分?jǐn)偫U納稅款，重組之后繼續(xù)作為二級分支機構(gòu)管理的，按照實質(zhì)重于形式的原則，不應(yīng)作為新設(shè)分支機構(gòu)，應(yīng)該按規(guī)定繼續(xù)計算分?jǐn)偛⒕偷乩U納稅款。具體包括企業(yè)外部重組與內(nèi)部重組兩種情形：（1）匯總納稅企業(yè)當(dāng)年由于重組等原因從其他企業(yè)取得重組當(dāng)年之前已存在的二級分支機構(gòu)，并作為本企業(yè)二級分支機構(gòu)管理的，該二級分支機構(gòu)不視同當(dāng)年新設(shè)立的二級分支機構(gòu)，應(yīng)按辦法規(guī)定計算分?jǐn)偛⒕偷乩U納企業(yè)所得稅。（2）匯總納稅企業(yè)內(nèi)就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅的總機構(gòu)、二級分支機構(gòu)之間，發(fā)生合并、分立、管理層級變更等形成的新設(shè)或存續(xù)的二級分支機構(gòu)，不視同當(dāng)年新設(shè)立的二級分支機構(gòu),應(yīng)按辦法規(guī)定計算分?jǐn)偛⒕偷乩U納企業(yè)所得稅。
　　七、分支機構(gòu)計算分?jǐn)偠惪畹娜齻€因素如何確定？計算分?jǐn)偠惪畹谋壤欠裾{(diào)整？
　?。ㄒ唬?ldquo;三因素”的確定?！掇k法》第十五條明確規(guī)定，總機構(gòu)應(yīng)按照上年度分支機構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素計算各分支機構(gòu)分?jǐn)偹枚惪畹谋壤?。這就將“三因素”的所屬區(qū)間統(tǒng)一限定為“上年度”，改變了28號文件對“三因素”所屬區(qū)間“1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度”的規(guī)定，保證了一個納稅年度內(nèi)上半年預(yù)繳、下半年預(yù)繳以及匯算清繳都采用一個所屬區(qū)間的“三因素”數(shù)額計算分配比例，還可以克服新設(shè)立企業(yè)第二年上半年因沒有上上年度“三因素”數(shù)額而無法參與就地分?jǐn)偫U稅的問題。
　　第十七條又細(xì)化了“三因素”的具體所屬區(qū)間和具體內(nèi)涵，即上年度分支機構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額，是指分支機構(gòu)上年度全年的營業(yè)收入、職工薪酬數(shù)據(jù)和上年度12月31日的資產(chǎn)總額數(shù)據(jù)，是依照國家統(tǒng)一會計制度的規(guī)定核算的數(shù)據(jù)。明確了“三因素”是會計核算數(shù)據(jù)，而不是《企業(yè)所得稅法》規(guī)定的概念，不需要進行納稅調(diào)整，這可以提高“三因素”的確定性，減少總分支機構(gòu)主管稅務(wù)機關(guān)之間的分歧。
　?。ǘ┓?jǐn)偠惪畋壤恼{(diào)整。第十五條規(guī)定，分支機構(gòu)分?jǐn)偙壤础掇k法》規(guī)定方法一經(jīng)確定后，當(dāng)年一般不作調(diào)整，即在當(dāng)年預(yù)繳稅款和匯算清繳時均采用同一分?jǐn)偙壤?。針對上市公司等在首次預(yù)繳分?jǐn)偛捎玫?ldquo;三因素”與其后經(jīng)過注冊會計師審計的“三因素”數(shù)據(jù)存在差異的情況，第十七條進一步說明，一個納稅年度內(nèi)，總機構(gòu)首次計算分?jǐn)偠惪顣r采用的分支機構(gòu)“三因素”數(shù)據(jù)，與此后經(jīng)過中國注冊會計師審計確認(rèn)的數(shù)據(jù)不一致的，不作調(diào)整，保證了年度內(nèi)分?jǐn)偙壤囊恢滦浴?br /> 　　同時，第十五條也針對個別情況規(guī)定了例外情形，即出現(xiàn)《辦法》第五條第（四）項（當(dāng)年撤銷分支機構(gòu)不再參與分?jǐn)偅┖偷谑鶙l第二款（總機構(gòu)設(shè)立具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能部門視同分支機構(gòu)，參與分?jǐn)偅?、第三款（企業(yè)外部重組與內(nèi)部重組形成新分支機構(gòu)不視同新設(shè)分支機構(gòu)，參與分?jǐn)偅┣樾瓮?，?yīng)重新計算分?jǐn)偙壤？紤]到這是例外情形，并不會對分配比例的一致性造成沖擊。
　　八、跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)2012年度匯算清繳是否適用該《辦法》？2013年度預(yù)繳企業(yè)所得稅款時如何與現(xiàn)行的預(yù)繳申報表銜接？
　　40號文件和《辦法》均自2013年1月1日起施行，考慮到企業(yè)所得稅“按年計算，分月或分季預(yù)繳，年終匯算清繳”的特點，匯總納稅企業(yè)2012年度企業(yè)所得稅匯算清繳時仍適用財預(yù)[2008]10號文件和28號文件，不適用40號文件和《辦法》。
　　考慮到40號文件與財預(yù)[2008]10號文件相比，跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理格局并無實質(zhì)調(diào)整，不擬同步修訂現(xiàn)行的匯總納稅企業(yè)所得稅預(yù)繳申報表和分支機構(gòu)所得稅分配表。匯總納稅企業(yè)2013年度開始預(yù)繳企業(yè)所得稅時，仍可按《國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布<中華人民共和國企業(yè)所得稅月（季）度預(yù)繳納稅申報表>等報表的公告》（稅務(wù)總局公告2011年第64號）和《國家稅務(wù)總局關(guān)于發(fā)布<中華人民共和國企業(yè)所得稅月（季）度預(yù)繳納稅申報表>等報表的補充公告》（稅務(wù)總局公告2011年第76號）規(guī)定的表格進行稅款分配和預(yù)繳，表格中項目內(nèi)容與《辦法》不一致的，按《辦法》執(zhí)行。